 |
 |
 |
 |
|
 |
|
|
Programele de mecanica moleculara corespund mai degraba unui model clasic al legaturii de valenta iar proprietatile specifice unei grupari par sa fie independente de molecula ca un întreg. Deci, daca parametrizarea semiempirica nu descrie suficient de bine toate situatiile, atribuirea risca sa fie gresita. Pe de alta parte, aceata abordare, permite identificarea gruparilor functionale din moleculele organice pornind de la spectrul lor de vibratie (în domeniul infrarosu).
Pentru substantele organice, analiza spectrelor în infrarosu (Raman) poate conduce la identificarea formulei chimice a substantei masurate.
Moleculele continând mai multe duble legaturi izolate (duble legaturi conjugate) pot fi usor interpretate prin metodele mecanicii moleculare utilizând constantele de forta aplicate alchenelor simple. In moleculele cu duble legaturi conjugate sunt corelate geometria si extensia conjugarii. O modalitate de abordare ar fi definirea parametrilor specifici pentru diferite tipuri de atomi si legaturi corespunzatoare oricarei situatii structurale. Aceasta cale de abordare este potrivita pentru structuri de tipul ciclului benzenic, a caror geometrie nu se modifica semnificativ în urma substitutiei.
Pentru alte tipuri de structuri, se efectueaza calculul orbitalilor moleculari, din care rezulta tipul legaturilor, care sunt apoi folosite pentru calculele de mecanica moleculara.
CALCULUL ORBITALILOR MOLECULARI SI AL SPECTRULUI DE VIBRATIE
I. Construirea moleculei se poate face cu programul ChemSketch. Se face optimizarea geometrica si rezultatul este exportat în format MOL.
II. Datele în format MOL sunt transformate în format MOPAC folosind Babel.
III. Flosim programul Mo7RO pentru vizualizarea nivelelor energetice electronice si respectiv calculul frecventelor de vibratie.
Pentru specificarea secventei de calcul, programul Mo7RO foloseste, ca si MOPAC, cuvinte cheie a caror lista este data.
Cuvinte cheie
O combinatie de cuvinte cheie pentru optimizarea geometrica este
PM3 PRECISE EF
unde EF inseamna 'Eigenvector following', metoda folosita pentru corectie. La sfarsitul calculului sunt calculati si orbitalii moleculari.
Pentru calculul vibratiilor, combinatia de cuvinte cheie este:
PM3 XYZ THERMO(298,298) ROT=2 FORCE
ROT este cuvantul cheie pentru grupul punctual, dupa notatia de mai jos.
C1,CI,CS .......... 1 D2, D2D, D2H ...... 4 C2, C2V, C2H ...... 2 D3, D3D, D3H ...... 6 C3, C3V, C3H ...... 3 D4, D4D, D4H ...... 8 C4, C4V, C4H ...... 4 D6, D6D, D6H ...... 12 C6, C6V, C6H ...... 6 S6 ................ 3 C(INF)V ........... 1 D(INF)H ........... 2 T, TD ............. 12 OH ................ 24
|
